「身心障礙者保護法」經86年在立法以來第二次大幅修正施行後；隨著時空環境的變化、身心障礙人口數的增加，使得相關內容已經無法提供身障者全面性的權益保障，再加上現行障礙分類無法實際反應整體身心障礙人口的實際需求，連帶地，相關的政策與服務也和實際需求脫節，因而，各界要求全面檢討、修正的呼聲不斷。
96年第三次修法主要的重點，除了將法案名稱修正為「身心障礙者權益保障法」，以積極的「權益保障」取代消極的「保護」外，更採納世界衛生組織（WHO）頒布的分類系統，以明確區辨服務對象，而後續的福利提供，則必須經過綜合需求評估，這些改變，不僅將使身心障礙者得到更適切的服務，也能促使社會福利資源的運用有效且具彈性。
聯合國世界衛生組織所頒布之「國際健康功能與身心障礙分類系統」（ICF）之八大類別，係以身心功能障礙為區分，與我國以視、聽覺、肢體等功能，或是疾病等傳統障礙認知的作法完全迴異，現行對身心障礙之定義分類系統欠缺一致性原則，既無法周延含括全部障礙類別，亦無法在不同類別之間達成互斥效果，更欠缺理論基礎與研究支持；此外，使現行分類未能真正反應整體身心障礙實際現況，以致導致服務措施僅以簡單的障礙類別和粗略的障礙等級規範，卻未能符合身障者個別的需求。
根據統計截至98年6月底，身心障礙者人數已達105萬4千餘人，已占總人口數4.57%，個別障礙之差異頗大，為使我國對於身心障礙之類別與國際接軌，以提供了解「健康」與「健康相關」後果之科學基礎及建立普遍適用可以描述健康狀態及其後果之共同語彙，促進不同專業之間、不同國家地區決策者可以互相溝通之媒介，增進不同國家地區資料之比較；並重新建構合於現況之身心障礙相關需求保障，採納ICF之八大身心功能障礙類別為判別依據，重新建構身心障礙之認定指標：
一、神經系統構造及精神、心智功能。
二、眼、耳及相關構造與感官功能及疼痛。
三、涉及聲音與言語構造及其功能。
四、循環、造血、免疫與呼吸系統構造及其功能。
五、消化、新陳代謝與內分泌系統相關構造及其功能。
六、泌尿與生殖系統相關構造及其功能。
七、神經、肌肉、骨骼之移動相關構造及其功能。
八、皮膚與相關構造及其功能。
此外並將現行十六類身心障礙者分別納入未來分類體系，以保障目前已納入體制之身心障礙者權益，可兼顧身心障礙服務體系與其他體系之間相互合作及配合。
未來上述各身體系統構造或功能，有損傷或不全導致顯著偏離或喪失，影響其活動與參與社會生活者，且經醫事、社會工作、特殊教育與職業輔導評量等相關專業人員組成之專業團隊鑑定及評估者，即可領有身心障礙證明，並獲得相關法定之權益保障。
然而由於鑑定及評估等指標設定極為專業且影響甚鉅，再加上修正後之身心障礙者類別與現行類別、分類方式不同，包括身心障礙者及其親屬、社會大眾、民間相關專業團體、各級政府機關及執行單位在內都必須重新熟悉與適應新修正類別，與配合修正之各項作業方式、規範，因此修正條文亦預留五年之過渡準備期，即民國一Ｏ一年始全面施行，在此之前仍延用現行相關規定。
全面施行之後即必須進行重新鑑定與評估，屆時原領取身心障礙手冊者即必須配合各縣市主管機關指定之時間及方式，辦理重新鑑定及需求評估，並視鑑定結果換發身心障礙證明，屆期仍未辦理者將註銷身心障礙手冊，而相關權益亦將中斷。而未來直轄市、縣（市）政府受理身心障礙者鑑定及評估提供後續相關福利服務，將以單一窗口方式受理，並組成專業團隊辦理科學鑑定與需求評估，除對於符合資格者發給身心障礙證明外，也配合提供後續福利與服務，以建構完整的服務網絡。
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